ابوالمظفر جلال الدین محمد اکبر 15 اکتوبر 1542ء کو ٹھٹھہ کے قریب قلعہ امر کوٹ(آج کل اس کو عمر کوٹ کہتے ہیں) میں پیدا ہوا۔اس کی والدہ کا نام حمیدہ بانو بیگم تھا جو کہ ایرانی النسل تھی ۔ اس کے بھائیوں کانام امان میرزا، محمد حکیم،ابراہیم سلطان میرزا،فرخ میرزاتھے جب کہ بہنوں کے نام عقیقہ سلطان بیگم، بخشی بانو بیگم، جہاں سلطان بیگم، بخت النسا بیگم،سکینہ بیگم اورامینہ بانو بیگم تھے۔
اس نے پیدائش کے وقت سے لیکر تخت نشینی تک کئی ممالک کی ٹھوکریں کھائیں کیونکہ اس کا والد ہمایوں جب شیر شاہ سوری کے ہاتھوں شکست کھا کر ایران فرار ہو رہا تھا تو راستے میں غریب الوطنی کی حالت میں اس کی پیدائش ہوئی۔ وہ 15 سال تک اپنے چچا کامران میرزا کے پاس ماں اور باپ کی عدم موجودگی میں طور یرغمال ٹھہرا رہا ۔اس لئے اس کی تعلیم و تربیت کا خاطر خواہ بندوبست نہ ہو سکا اور یہی وجہ تھی کہ اکبران پڑھ رہ گیا ۔ اس کی پرورش ماہم اتکہ (ماہم انگا) نے کی جب کہ بچپن میں کامران میرزا اور عسکری میرزا کی بیویوں نے بھی اس کی دیکھ بھا ل کی۔